Negi Springfield, seorang pesulap berusia 10 tahun, bercita-cita untuk menjadi “Magister Magi”, seorang pesulap tertentu yang, dengan menyamar beroperasi di bawah sebuah LSM, menggunakan kekuatannya untuk membantu individu biasa. Setelah lulus dari Akademi Sihir Merdiana di Wales, dia akan didelegasikan tugas mengajar bahasa Inggris di sekolah menengah, di mana kelas wali kelasnya terdiri dari 31 anak perempuan, masing-masing memiliki gaya tersendiri di Akademi Mahora. Acara tersebut merinci pengalaman dan waktunya di Jepang saat dia membantu mereka dalam kesulitan mereka, mendapatkan persetujuan dan rasa hormat dari murid-muridnya, dan menghadapi bahaya sihir dari dalam maupun luar Akademi Mahora. Hubungan utama Negi adalah dengan Asuna Kagurazaka, teman sekamar dan muridnya, yang awalnya tidak menyukainya tetapi kemudian mengenalinya sebagai teman dan menjadi pendampingnya meskipun semua wanita memiliki latar belakang cerita dan karakternya sendiri. Dia juga memburu ayahnya yang dipanggil Seribu Guru.
Meskipun awalnya tampak seperti karya komedi romantis yang menampilkan banyak karakter bishōjo seperti Love Hina, pertunjukan tersebut telah berkembang menjadi campuran romansa shōnen, fantasi, horor, aksi, dan komedi. Akamatsu mengatakan bahwa dia secara khusus ingin melakukan sesuatu yang “berbeda” dari Love Hina. Negi sendiri sudah praremaja, dan beberapa adegannya bersama Asuna merupakan variasi unik dari tren manga harem “adegan romantis canggung” yang langsung dijinakkan dan hanya diputar untuk ditertawakan. Selain itu, banyak gadis yang tidak bisa menyukainya dalam arti kekanak-kanakan tanpa harapan yang intim pada pembacanya [studi yang unik?]
Dalam mempertahankan gaya khusus ini, Negi sendiri dianggap tipikal pemeran utama pria di manga dan juga bisa dibandingkan dengan Keitaro Urashima karya Love Hina. Dia pekerja keras, kompeten, dan diperlakukan dengan baik, namun karena penampilan dan usianya (jauh di bawah mayoritas muridnya), dia merasa sama sekali tidak mengancam dan sulit untuk dianggap serius sebagai seorang guru; beberapa muridnya menganggapnya sebagai anak kecil yang licik, jika bukan teman bermain (atau mainan)
