Ninja Hayate Pelajar Pelarian

Hayate Shinobu bukan siswa kelas 3 biasa; dia adalah seorang ninja buronan yang terus berpindah sekolah demi melarikan diri dari orang-orang yang mengejarnya.
Jika dia tertangkap, satu-satunya hal yang menunggunya adalah kematian.

Di sisi lain, bagi para pengejar, satu-satunya cara untuk mengkompensasi kegagalan misinya adalah dengan kematian.
Wali kelas Hayate juga seorang ninja, dan dia memutuskan untuk mengeksekusi Hayate untuk melindungi kode ninja, meskipun ada keberatan dari Dewan Pendidikan dan penderitaannya sendiri.

Hayate harus mengatasi banyak kesulitan dalam usahanya menjadi siswa sekolah dasar biasa.