Kesimpulan
12.000 tahun setelah peristiwa Sousei no Aquarion, umat manusia terancam oleh musuh baru dari dimensi lain berlabel “Penculik”, yang seperti halnya Malaikat Bayangan, menyerbu kota-kota manusia untuk menculik penduduknya. Untuk mempertahankan umat manusia dari invasi ini, organisasi Neo-DEAVA membentuk dua tim, satu terdiri dari hanya laki-laki dan satu lagi hanya perempuan, masing-masing mengemudikan mesin raksasa mereka sendiri yang disebut "Aquaria". Untuk melindungi teman barunya Mikono, remaja Amata Sora memutuskan untuk menggunakan kekuatan yang dia rahasiakan sepanjang hidupnya dan dengan menggabungkan Vektor dengan pilot pria dan wanita menjadi satu robot, raksasa legendaris Aquarion terlahir kembali sekali lagi.