Dalam AG 101 (tahun ke-101 dari kalender Generasi Lanjutan), entitas misterius yang hanya dikenal sebagai "UE", atau "musuh tak dikenal", menyerang dan menghancurkan koloni luar angkasa Angel. Serangan brutal ini menjadi terkenal sebagai "The Day the Angel Fell", dan menandai awal perang umat manusia untuk bertahan hidup. Serial ini dimulai pada AG 108 ketika UE menyerang koloni luar angkasa Ovan, tempat Flit Asuno sekarang tinggal setelah dia melarikan diri dari koloni Angel sebelum kehancurannya. Ibu Flit sesaat sebelum dia dibunuh oleh UE, dia memberi anaknya sebuah benda yang disebut "AGE Device". Di dalamnya ia menemukan cetak biru untuk senjata ampuh dari masa lalu — mesias kuno bernama "Gundam".
Dari cetak biru ini, Flit menghabiskan beberapa tahun berikutnya untuk mempelajari teknik di pangkalan Federasi Bumi di koloni luar angkasa Nora dan merancang Gundam AGE-1. Tujuh tahun kemudian, di AG 115, Flit menyelesaikan Gundam AGE-1 Normal, sama seperti UE menyerang Nora, dan memanfaatkannya untuk membantu awak kapal perang Federasi "Diva" dalam mengevakuasi warga koloni sebelum dihancurkan. Bertekad untuk membawa pertempuran ke UE karena menghancurkan rumahnya dua kali, Flit setuju untuk bertugas di regu mobile suit Diva yang mengemudikan Gundam. Setelah mendapatkan cukup data dan kekuatan militer untuk menetapkan tindakan, kru Diva dan sekutunya meluncurkan serangan yang berhasil menghancurkan benteng rahasia UE di asteroid Ambat. Di sana mereka mengetahui bahwa UE sebenarnya adalah keturunan dari misi manusia yang seharusnya gagal dikirim untuk menjajah Mars, ditinggalkan untuk mati oleh Federasi Bumi, yang membentuk negara mereka sendiri di planet merah yang disebut Veigan.
