Marie terjebak dalam situasi yang mengerikan. Dia terus menerus disiksa oleh teman sekelasnya dan sering dianiaya oleh gurunya. Karena tidak ada tempat lain untuk berpaling, dia mendapati dirinya meminta bantuan supernatural dari salah satu dari tujuh iblis dari tujuh misteri sekolahnya. Yang dia inginkan hanyalah kematian teman sekelas dan gurunya yang kejam. Seberapa jauh Marie rela pergi untuk mencapai pembunuhan yang akan membebaskannya dari neraka yang hidup?
Higanbana no Saku Yoru ni terjadi di lingkungan sekolah yang tidak disebutkan namanya dan terdiri dari banyak cerita pendek mandiri, masing-masing diceritakan dari sudut pandang siswa atau anggota staf dari sekolah. Cerita-cerita ini menampilkan intimidasi sebagai tema utama yang melapisi, karena setiap tokoh utama cerita digambarkan sebagai korban penindasan atau penindas itu sendiri. Higanbana berputar di sekitar serangkaian legenda perkotaan yang disebabkan oleh makhluk gaib yang disebut y? Kai, yang masing-masing mengklaim kepemilikan "misteri" tertentu dan membunuh siapa saja yang mencoba untuk menyelidikinya. Ada total tujuh "misteri" di awal seri, dengan banyak y? Kai berkelahi satu sama lain dalam perang wilayah yang sedang berlangsung untuk kepemilikan misteri ini, yang diberikan kepada tujuh y? Kai yang muncul sebagai pemenang dalam konflik . Protagonis cerita berinteraksi dengan setidaknya salah satu penduduk sekolah y? Kai, yang memaksa protagonis untuk menghadapi konsekuensi dari tindakan mereka terkait intimidasi.
