Dunia berada dalam keadaan terisolasi. Penyebabnya adalah karena entitas laut dalam misterius yang oleh angkatan laut dijuluki "Armada Laut Dalam" dan pengambilalihan lautan yang mengisolasi semua negara di dunia satu sama lain. Menolak untuk hanya duduk diam dan membiarkan Armada Laut Dalam melakukan apa saja, semua negara di dunia mengumpulkan sumber daya mereka untuk membuat senjata baru untuk memerangi mereka ... senjata yang kekuatannya sebanding dengan kapal perang ... dan namanya adalah: The Fleet Girls. Akankah senjata baru ini cukup untuk melawan Armada Laut Dalam? Akankah panji yang baru saja dikirim ke pangkalan angkatan laut di mana "Gadis Armada" disimpan dapat membantu dalam perjuangan mereka ... Hanya waktu yang akan memberitahu saat perang melawan Armada Laut Dalam ini mulai terungkap.
