Kedamaian mungkin telah dipulihkan ke Hoenn setelah skema kejahatan Tim Aqua, Tim Magma, dan kemudian Guile Hideout dihentikan. Namun, ketika krisis baru mendekat, Steve Stone tidak punya pilihan selain meminta bantuan Ruby, Sapphire, dan Emerald sekali lagi. Apa yang membuat para pelatih muda perlu memanfaatkan kekuatan misterius Mega Evolution? Apakah krisis tersebut terkait dengan simbol aneh 'omega' dan 'alfa' pada lukisan mural Groudon dan Kyogre yang belum pernah dilihat sebelumnya di Gua Granit? Joseph Stone, ayah dari Steven dan Presiden Devon Corporation, mungkin tertarik pada sesuatu yang penting ketika dia melihat tanda 'delta' yang tidak mencolok di lukisan…
