Cerita berlanjut di mana musim pertama berhenti hanya beberapa bulan ke depan. Yuokai Gakuen telah diperbaiki dan semester baru sedang berlangsung. Tsukune dan geng kembali, dan lebih kuat dari sebelumnya. Identitas asli Anti-Tesis lega. Dengan musuh baru menjulang di cakrawala, dan sesuatu yang jauh lebih jahat dari yang pernah dihadapi geng sebelumnya.
Tsukune sedang bertarung dengan monster di dalam dirinya. Dengan bantuan Moka, Mizore, Kurumu, Ruby, dan Yukari. Tsukune melatih untuk mengendalikan darah vampirnya dan kekuatan untuk melindungi apa yang dia sayangi.
Musim baru lebih berfokus pada para gadis, masa lalu mereka, dan keluarga mereka. Konfrontasi baru menunggu mereka. Teman dan sekutu baru akan bergabung dengan mereka di sisi mereka. Bersama-sama mereka akan menemukan rahasia rosario Moka, dan silsilahnya ...
