Di Tokyo yang dikenal sebagai Shinto Teito pada tahun 2020, Minato Sahashi yang berusia 19 tahun sangat cerdas, namun karena ketidakmampuannya untuk mengatasi tekanan telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi dua kali.
Minato bertemu dengan seorang gadis bernama Musubi, yang suatu hari benar-benar jatuh ke surga. Minato segera mengetahui bahwa dia adalah "Sekirei" yang memilihnya sebagai "Ashikabi" -nya, di antara kelompok individu samar yang memiliki karakteristik warisan yang mampu membuat kesepakatan - dengan berciuman - dengan Sekirei. Ini memungkinkan mereka untuk menggunakan kekuatan total mereka dalam menghilangkan konflik dengan Sekirei lainnya dan mengikat Sekirei padanya. Terdiri dari 108 gadis manis, wanita montok, dan bishnen, pertempuran Sekirei dalam kontes yang disebut "Rencana Sekirei" yang dibentuk oleh Hiroto Minaka, ketua dan pendiri MBI Corporation yang misterius dan kuat.
Minato segera mengetahui bahwa menjadi pasangan seorang wanita tidak semuanya menyenangkan dan permainan, terutama ketika dia dipilih oleh beberapa Sekirei lainnya masing-masing juga membuat kesepakatan dengannya, sebagai Ashikabi mereka. Sekarang, Minato harus menemukan metode untuk bertahan dari konflik yang mengancam nyawa dari Rencana Sekirei dan persaingan ketat rekan-rekannya untuknya.
Sekirei adalah makhluk berkekuatan super yang menggunakan kode lain seperti halnya manusia. Kapal luar angkasa Sekirei jatuh di Bumi pada tahun 1999 di Pulau Kamikura, dan ditemukan oleh dua murid, Hiroto Minaka (calon ketua MBI) dan Takami Sahashi (calon kepala peneliti MBI dan ibu Minato). Di atas kapal, pasangan itu menemukan 108 makhluk hidup, dijelaskan sebagai "Satu pilar dan 107 bayi burung".
