Di hari pertama sekolah menengah, Haruhi Suzumiya membuat pengumuman yang mengejutkan semua orang: “Saya tidak tertarik pada orang biasa. Jika ada orang di sini adalah alien, penjelajah waktu, slider, atau esper, silakan temui saya! Itu semuanya." Kyon, manusia yang benar-benar normal yang kebetulan kebetulan duduk di depan meja di depan Haruhi, awalnya bertanya-tanya apa dia bercanda. Tapi Haruhi Suzumiya selalu serius. Selalu. Bagaimanapun, Kyon jelas tidak pernah bermaksud untuk terlibat dalam kejenakaannya. Tapi ketika percakapan santai tanpa sengaja memberi Haruhi ide untuk membentuk klub yang didedikasikan untuk penemuan dan penyelidikan fenomena misterius, Kyon mendapati dirinya sudah berlebihan, terutama ketika Haruhi menjadikan dia rekrutan pertamanya. Anggota lain dari klub termasuk Nagato Yuki, seorang gadis pendiam dan kutu buku; Mikuru Asahina-san, gadis yang sangat menggemaskan yang dipilih oleh Haruhi untuk menjadi "maskot" klub; dan Koizumi Itsuki, anak laki-laki selalu tersenyum yang dipilih Haruhi untuk berperan sebagai "murid pindahan misterius". Dan Brigade SOS lahir! Hal-hal hanya menjadi lebih aneh dan lebih sulit bagi Kyon, namun, ketika dia mengetahui bahwa Haruhi tanpa sadar telah mengelilingi dirinya dengan orang-orang yang selama ini ingin dia temukan: Nagato Yuki sebenarnya alien, Asahina Mikuru penjelajah waktu, dan Koizumi Itsuki adalah seorang esper! Dan mengapa semua orang ini muncul di tempat pertama? Wah, untuk Haruhi, tentu saja! Tiga tahun lalu, Haruhi menyebabkan semacam gangguan yang mereka anggap layak untuk diselidiki. Dan Kyon, untuk alasan apapun, tampaknya menjadi satu-satunya yang "normal" di seluruh grup. Pertanyaan terbesarnya: mengapa dia?
